Hahnemann décède à Paris le 2 juillet 1843 ; ses élèves vont continuer son oeuvre tant individuellement qu'au sein des sociétés savantes dont la Société française d'homéopathie, toujours en activité, ou par des écoles, l'association des internes de l'hôpital Saint-Jacques et le Centre homéopathique de France.

Le syndicalisme homéopathique naît en 1932, d'une part, deux années après les lois sur la protection sociale généralisée et, d'autre part, quatre après la création de la Confédération des syndicats médicaux français (C. S. M. F.). Le « Syndicat National des Médecins Homoeopathes Français » (S. N. M. H. F) est fondé, le 11 mai 1932, par une initiative de la Société française d'homoeopathie. Celle-ci est soutenue par la Société rhodanienne d'homéopathie et les activités syndicales sont relatées dans la Revue française d'homoeopathie, L'Homéopathie moderne et Le Propagateur de l‘homéopathie. Le premier président est Jean-Paul Tessier. De cette époque jusqu'à la dissolution de tous les syndicats français en 1941, on compte parmi les dirigeants de ce syndicat : Gilbert Charrette, Paul Chiron, André Delamare, Maurice Fortier-Bernoville, J.-Amédée Lathoud, Charles Noailles.

Les médecins homéopathes vont perdre de nombreux confrères pendant ces années d'occupation et il lui faudra attendre les ordonnances de 1945 du gouvernement provisoire dirigé par le général De Gaulle pour qu'ils recouvrent les possibilités de s'exprimer, de défendre l'homéopathie et les homéopathes via le syndicat reconstitué.
Pendant cette phase, le syndicat des médecins homéopathes, présidé successivement par d'Espiney, Paul Garnier et Emmanuel Lefort, et associé à la CSMF., fait connaître une homéopathie médicale éloignée de tout charlatanisme.

De 1958 à 1962, les négociations autour de la prescription et du conventionnement collectif du monde médical cristallisent des tensions dans la communauté homéopathique.
Dans les années soixante, sous une cinquième république organisatrice, la profession de médecin homéopathe retrouve une unité grâce au président du SNMHF., Maurice Plazy (1907-1985), et acquiert des structures solides : l'École française d'homéopathie (réunion des trois grandes écoles dispensant une formation initiale aux médecins) et la Fédération nationale des sociétés médicales homéopathiques de France.

Les événements de Mai 1968 préfigurent une certaine contestation de la médecine académique et un engouement pour l'écologie. Dans les années soixante-dix, les médecines dites « naturelles » attirent de nombreux étudiants. La création d'un secteur d'exercice à « honoraires libres », via la convention nationale signée entre la Caisse primaire d'assurance maladie des travailleurs salariés et les médecins, va permettre un exercice « lent » des médecines globales comme l'homéopathie, en assurant une plus juste rémunération. Pour la première fois, une convention médicale introduit une notion qualitative et non plus seulement quantitative.

Dans les années quatre-vingt, des travaux de recherche fondamentale et clinique sont mis en oeuvre avec un appui temporaire du ministère de la santé. En 1988, la publication de travaux biologiques dans une grande revue anglo-saxonne Nature est à l'origine d'une tentative d'explication, plus médiatique que scientifique du mode d'action des hautes dilutions homéopathiques ; c'est l'affaire dénommée: « la mémoire de l'eau ». La polémique médiatique et scientifique qui suit est à l'origine de difficultés sérieuses pour tous les scientifiques qui ont accepté de se pencher sur le difficile problème de l'infinitésimal. Les médecins homéopathes sont au cœur des interrogations suscitées par l'affaire : le SNMHF, sous la conduite de François Buraud, son président, réagit. Il met en avant l'intérêt des malades, parfois déstabilisés par des informations contradictoires et demande aux médecins de continuer à soigner tout en donnant à leur pratique une dimension pédagogique à l'aide des médicaments homéopathiques eux-mêmes dont l’efficacité est, de longue date, une évidence clinique.

À l'heure actuelle, depuis une dizaine d'années, la présidence est assurée par François Gassin. À la demande de Bernard Glorion, président du Conseil national de l'Ordre des médecins, le SNMHF met en place une commission chargée d'étudier les conditions d'exercice de l'homéopathie médicale en France. Elle élabore le Rapport Lebatard-Sartre (du nom du président de celle-ci), qui est publié en décembre 1997. Ce texte officiel devient la référence tant en France que dans les pays européens. À ce propos, le syndicat national des médecins homéopathes français a, depuis lors, participé aux différentes rencontres des médecins homéopathes européens. En 2000, il décide de s'investir d'avantage encore dans cette direction.

Dans le dessein de travailler encore plus efficacement pour les médecins homéopathes, François Gassin et Alain Sarembaud effectuent une enquête et une synthèse de l'histoire de ce syndicat depuis sa création : un livre en sera le résultat.